محمود كه در آن هنگام حاكم تاشكند بود ، آشتى دادند . بدين وسيله تمام جايهاى از دست رفته دوباره به تابعيت خانى خوقند برگشت . اين حال امير را وادار نمود كه از زمستان سال 1841 براى سومين جنگ با خوقند مهيّا و آماده شود . و اين جنگ در بهار سال 1842 به وقوع پيوست . در ظفرنامهء خسروى اين جنگ با جزئيات تمام بيان يافته است . سپاه بخارا بيرحمى بىنظير را از خود ظاهر نمودند . پنج هزار تن از خوقنديان كشته شدند ( برگ 98 « ب » ) . ساكنان محل خود را ترك كردند . چنانچه ، در كان بادام فردى پيدا نشد كه از وضع حريف خبر دهد ( برگ 99 « ب » ) . پس از شكست در نزد خوقند ، محمد على خان ، با دسته‌اى يك هزار نفره به سوى مرغينان فرار كرد . سپاه بخارا مظفرانه وارد پايتخت شد . ( برگ 101 « ب » ) . امير امر به تاراج پايتخت داد . سپاهيان بخارا ، با استفاده از رخصت رهبر خود ، تاراج و غارت را به عالىترين حد رساندند . همه مال مردم را به يغما بردند ( برگ 102 « الف » ) . يغماگرى تا شب ادامه داشت ، پس امير دستور به قطع آن داد . امير به دنبال محمد على خان ، يكى از لشكركشان خود ، اسحاق بيك را همراه با پنج هزار جنگاور راهى نمود ( برگ 103 « ب » ) . خان خوقند كه اين هنگام در مرغينان قرار داشت ، از طرف ساكنان محل دستگير و به اسحاق بيك سپرده شد ( برگ 104 « ب » ) . بايد گفت كه اين منظره نيز در منابع به شكلهاى مختلف درآمده است . طبق اخبار محمد حكيم خان ، امير نصر الله بعد از لشكركشى به خوقند ، با منصبدار شهر سبزى كه مسئول اسيران خان خوقند و برادر و پسر وى بود ، صحبت داشت ؛ بازگفته مىشود كه محمد على خان به سوى مرغينان فرار كرد و امير به دنبال وى دستهء اوراتپه را با سردارى بردىيار و همراه با محمود خواجه - منصبدار اسبق خوقند كه محمد على خان در زمانش نوازشها كرده بود - راهى نمود . محمد على خان با كمك محمود خواجه دستگير شد . محمد حكيم خان ، در ادامه ، واقعهء قتل محمد على خان و برادر و پسر را مفصّل نقل